Giovanni Naldini (29 ottobre 1517-1557) è figlio di Domenico di Giovanni e di Ginevra di Lattanzio Tedaldi.

Nel 1541 si sposa con Agna di Bernardino Vasquez, di una famiglia spagnola giunta a Firenze con la corte di Eleonora di Toledo, moglie del duca Cosimo I de’ Medici. La coppia ha Domenico e Luigi, nati nel 1542 ma morti giovanetti, Bernardino (1544-1595), Giulio (1545-1566) militare nell’esercito imperiale, Eleonora (n. 1546) poi sposa di Giovan Battista di Lucantonio degli Albizi, Ginevra (1547-1635) suor Ortensia nel monastero di Santa Caterina di Prato, Ottaviano (1549-1595) capitano nelle Fiandre, Maria (1550-1626) suor Maria Anna nel medesimo monastero, Costanza (1552-1633) suor Isabella nel monastero di Sant’Agata di Firenze, Ferrante (n. 1555) nel 1570 cavaliere di Santo Stefano.