Giovanni Naldini (1604-1648) è figlio di Francesco di Bernardino e di Elisabetta di Vincenzo Pitti. Nel 1637 si sposa con Lucrezia Zati e l’anno successivo, alla morte di Lucrezia, prende in seconde nozze Virginia di Andrea de’ Pazzi, con la quale avrà i figli Francesco Maria (1639-1692) matematico e, dal 1647, cavaliere di Santo Stefano, Elisabetta (n. 1641) dal 1659 suora nel monastero della Crocetta, Anna dal 1658 monaca alle Murate.