Sposò nel 1871 Cristina Naldini del Riccio, erede del patrimonio della sua casata. Ebbe quattro figli: Ada, Vittoria, Renzo e Lapo. Renzo (1874-1956) sposò nel 1912 la torinese Lodovica Valperga di Masino ed è l'autore della linea marchionale vivente. Nel 1897 Lapo (1890-1917) ereditò dal lontano parente Luigi Alamanni Niccolini, discendente di Biagio il patrimonio che questi aveva ricevuto dalla marchesa Maddalena Alamanni col vincolo di aggiungere al proprio cognome quello degli Alamanni. Ma Lapo Niccolini Alamanni morì durante la prima guerra mondiale, il suo patrimonio e parte dell'archivio Alamanni tornarono così al ramo principale della famiglia Niccolini.