Nel giugno 1768 si unisce in matrimonio con Marianna Pecori, figlia del Conte Bernardo Pecori e Teresa Balvas Svares de Cosca. Dalla loro unione nascono 7 figli: Francesco, Antonina, Ottavia Vincenzo, Bernardo, Lisabetta, Giulia e Teresa.

Le carte relative ad Antonino riguardano in particolare l’amministrazione dei beni nel contado e in genere la gestione delle fattorie: i poderi di Morulli presso Careggi e i poderi del Mugello (Le Mozzette e Corniolo).

Dalla morte del marito nel febbraio 1792, l’amministrazione della casata Pepi risulta sostanzialmente affidata alla Contessa Marianna Pecori (1758-1804).