L’Archivio Baldovinetti Tolomei contiene i documenti relativi alla formazione e al consolidamento del patrimonio della famiglia di origine, i Baldovinetti. Questa, oltre ai possedimenti di Marti (Montopoli) e di Usigliano (Palaia), ebbe dimore a Pisa, sul Lungarno oggi chiamato Sonnino, proprio a confine con il Monastero delle Benedettine, e a Firenze, nell'antica zona della Porta S. Maria; ebbe tenute nel piano di Pisa, al Fusaio presso Cascina; nella pianura di S. Miniato, a Bassa e a Marcignana; a Cusignano di S. Miniato; nonché nel Valdarno di Sopra, a Cerreto, Caspri e Soffena; ebbe case a Castelfranco di Sopra e a Empoli, beni in Mugello, alla Lastra di Fiesole e in Val di Pesa.

Questi beni furono il frutto di acquisti, di contratti matrimoniali, di eredità, o proventi di cariche ecclesiastiche, che, a volte, portarono a lunghe cause processuali. E tutto ciò è documentato nelle carte raccolte nelle prime sette sezioni dell’archivio. Nelle successive, si trovano invece le carte personali e la corrispondenza dei singoli rappresentanti della famiglia.

Un fondo a parte dell’archivio è quello che riguarda i Baldovinetti Tolomei. Sin dal 1814, era venuto a mancare l’ultimo figlio maschio di Francesco di Giovanni Baldovinetti, un altro Giovanni, e il patrimonio venne diviso fra le quattro sorelle. Sennonché, una di queste, Teresa, sposa di Luigi Tolomei Gucci, ebbe un figlio maschio, anche lui Giovanni, nella cui persona fu riunito nuovamente il patrimonio, a patto che cambiasse il suo nome con quello dei Baldovinetti. Nel 1866, una volta raggiunta la maggiore età, Giovanni Baldovinetti Tolomei assunse la gestione del patrimonio, operò numerose vendite, compresa quella dell’ultimo edificio fiorentino della famiglia, il palazzo di via dei Serragli. mantenne e incrementò la fattoria di Marti dove spesso dimorava con la moglie Giulia Bartolommei. Di loro pertinenza sono i documenti dell’ultima sezione dell’Archivio Baldovinetti Tolomei.

L’Archivio Baldovinetti è stato trasferito nella sede attuale nel 1890, al momento della vendita ad altri dell’ultima dimora fiorentina della famiglia, il palazzo di via dei Serragli. A quella data, la raccolta non era più integra perché nel 1863 le 607 pergamene (datate a partire dal 1162) erano state cedute all'Archivio di Stato di Firenze, dove tutt’ora si trovano; e, intorno a quegli anni, molti volumi manoscritti, libri di chiesa, studi eruditi, composizioni letterarie, e altri documenti erano passati all'Archivio di Stato di Firenze, alla Biblioteca Palatina (oggi Biblioteca Nazionale Centrale) e alla Biblioteca Marucelliana (fra cui molte delle carte di monsignor Antonino Baldovinetti). Tutto sommato, però, le alienazioni avevano riguardato carte interessanti da un punto di vista storico e archeologico, ma non avevano compromesso la struttura portante dell’archivio.

L'Archivio è stato riordinato a partire dal 1947 dall'allora proprietario Massimiliano di Achille Majnoni d'Intignano, detto 'Max', coadiuvato dal giovane storico Gino Corti, ma il loro intervento cessò con la morte di Max, del 1957. I lavori sono ripresi quaranta anni dopo, a partire dal 1996, per volere di Stefano, figlio di Max, che ha chiamato all'opera Rita Romanelli, e portati a compimento con la pubblicazione dell'inventario nell'anno 2000:

Inventario dell’Archivio Baldovinetti Tolomei, a cura di Rita Romanelli, Edizioni di Storia e Letteratura, Roma 2000

La descrizione che dei documenti si dà oggi (2018), con l'ausilio della revisione di Elisa Giannelli, parte proprio da quell'inventario.