L’archivio Pepi rappresenta uno spaccato della storia della famiglia dalla metà del ‘500 ai giorni nostri, ed è costituito da filze legate da lacci, buste, e registri, per un totale di 164 unità archivistiche, di cui 24 buste di carte e documenti novecenteschi e degli ultimi discendenti.

Pur essendo i Pepi una famiglia già in vista dalla seconda metà del Duecento per la fiorente attività mercantile legata al commercio di spezie (in particolare del pepe) e la conseguente partecipazione alle cariche pubbliche della Repubblica di Firenze, non è dato sapere se e come sia stata prodotta e poi dispersa la documentazione precedente la seconda metà del XVI secolo. 
Certo è che con Ruberto Pepi (1572-1634) e con i suoi discendenti del XVII e XVIII secolo, la famiglia riuscì a consolidare le proprie ricchezze attraverso un’oculata gestione dei denari e una saggia politica matrimoniale, che gli garantirono la partecipazione attiva alla gestione politica dello Stato mediceo e lorenese, soprattutto dopo il riconoscimento ottenuto con la Legge sulla nobiltà e cittadinanza voluta da Francesco Stefano di Lorena nel 1750, che conferì loro il titolo di “Nobili Patrizi Fiorentini del Quartiere di S. Croce”.
Parte della documentazione di alcune famiglie fiorentine è confluita all’interno dell’archivio Pepi, come nel caso della famiglia Macigni e del ramo cadetto della famiglia Medici, con le quali i Pepi si imparentarono a seguito di importanti matrimoni: quello di Ruberto Pepi con Isabella de’ Medici, figlia di Paolo Medici, nel 1608; e quello di Franco Gaspero Pepi con Ottavia Macigni, che garantì ai Pepi l’acquisizione di tutto il patrimonio Macigni conferito in eredità con la morte di Francesco Manfredi Macigni, fratello di Ottavia e ultimo discendente maschio della casata.
Di altre famiglie non è rimasto molto, a parte “spaccati” di documentazione riservati alla futura signora “in Pepi”, tra cui spicca la figura di Lisabetta Gondi, che, sposa di Francesco di Ruberto Pepi nel 1649 ma rimasta poi vedova pochi anni più tardi, ebbe un ruolo determinante nella gestione del patrimonio familiare.

L’archivio è costituito essenzialmente da due Sezioni: la prima di Atti patrimoniali della famiglia Pepi e di quelle a essa legate, con documenti di carattere amministrativo e giudiziario (atti notarili, testamentari e dotali, contratti di compra-vendita, concessione di prestiti, carte giudiziarie e processuali); la seconda di Registri contabili e scritture private, memorie e relazioni di esponenti di spicco della famiglia, che riguardano tanto i conti della gestione patrimoniale quanto le spese domestiche e personali o altri scritti come il famoso Memoriale di Ruberto Pepi, un diario di narrazioni dei suoi viaggi di lavoro; abbiamo poi una serie di Corrispondenze otto-novecentesche, importante per la ricostruzione delle reti relazionali della famiglia e la sua capacità operativa nel corso del XIX e XX secolo.
È del 2015 la pubblicazione dell’inventario analitico "L’archivio della Famiglia Pepi", a cura di Riccardo Sacchettini, da cui parte la descrizione che dei documenti si dà oggi (2026), con revisione e redazione a cura di Gaia Baglioni.