Un archivio patrimoniale del proprio ramo della famiglia fu creato da Ferdinando di Lorenzo Guicciardini sin dal 1807. Al tempo stesso, in un registro che viene ancora oggi compilato come Libro di famiglia, con i "Diversi Ricordi della Casa Guicciardini", furono riassunti quei documenti che testimoniavano il consolidamento dei Guicciardini a Firenze sin dal Trecento; documenti che erano rimasti nell’archivio del ramo primogenito dove tuttora si trovano.
I documenti patrimoniali posti nei fascicoli dell’Archivio Guicciardini di Lungarno furono inoltre descritti nel "Repertorio generale dell’archivio", una rubrica alfabetica ancora utilizzabile per le ricerche.  I documenti dell’Archivio dei Bardi di Vernio, passati nell’eredità e consegnati a Ferdinando insieme al Palazzo di Lungarno, furono invece tenuti a parte e consultati attraverso i repertori del 1766, solo parzialmente aggiornati.

Le carte Guicciardini, dopo aver attraversato quasi indenni i pericoli del passaggio del Fronte, nella dimora di campagna dove erano state momentaneamente trasferite nel 1943, hanno successivamente subito i danni della piena dell’Arno del 1966, ma sono oggi ben conservate e quasi nella loro interezza ben leggibili.

Le carte personali di Ferdinando di Lorenzo contengono le proprie corrispondenze relative al regno di Maria Luisa di Borbone, dapprima regina d'Etruria, poi nell'esilio impostole da Napoleone, poi duchessa di Lucca, e i documenti della Corte borbonica. I documenti di Carlo di Ferdinando testimoniano la vita dell'entourage della corte toscana nel secondo quarto dell'Ottocento e dei lavori di ristrutturazione del Palazzo di Lungarno, diretti da Giuseppe Poggi. Il figlio Ferdinando ha invece lasciato in archivio le tracce del suo impegno nel riassetto delle fattorie di famiglia.

Alle carte patrimoniali e alle corrispondenze dei singoli personaggi della famiglia, si giustappongono i documenti delle fattorie. In primis, le fattorie di Poppiano e di Lucignano (Montespertoli), antiche proprietà dei Guicciardini, con la documentazione risalente al 1810; nel 1934, la fattoria di Lucignano passò al ramo dei Guicciardini Corsi Salviati. Molte proprietà giunsero ai Guicciardini a seguito dell’eredità Bardi, nel primo decennio dell’Ottocento: Colle Alberto (Montale), Luogomano e Usella (Cantagallo), Vernio. La fattoria di Pieve a Pitiana (Reggello) fu invece portata in dote nel 1844 da Giulia di Emilio Pucci, moglie di Carlo di Ferdinando Guicciardini. 
La sezione d’archivio delle fattorie Guicciardini è stata riordinata e descritta nel 2009, a cura di Cinzia Cardinali, nell’ambito del censimento degli archivi di fattoria promosso dalla Soprintendenza archivistica per la Toscana.

La descrizione che qui si dà dei fascicoli di Atti patrimoniali è stata predisposta da Rita Romanelli (2018) che nel tempo ha curato il riassetto delle carte. Negli anni 2019-2020 la Corrispondenza di Ferdinando di Lorenzo Guicciardini è stata riordinata per mittente e qui descritta dalla stessa Romanelli e da Elisa Fontanelli che ha anche svolto una ricerca sulle committenze di Maria Luisa di Borbone.