Raffaello nacque da Piero Velluti e da Cosa di Filippo Gondi, si presume figlio primogenito perché aveva preso il nome del nonno, un altro Raffaello di Piero. Non risulta essersi sposato e nel 1588 si è trasferito a Ferrara per curare gli interessi economici della famiglia in quella città.

Raffaello è morto il 30 luglio 1630, una settimana prima del fratello Francesco, probabilmente per una malattia contagiosa.